よく考えたら引数つきのURIもクロール拒否すればいいのでした。robots.txtに以下を追加。

Disallow: /?

あと、404ページを用意していなくて、存在しないURIにアクセスがあったときはトップページが表示されていたのですが、今回ついでに作ってみました。もっと気の利いたことを書きたい。